動物剖檢對揭示生命現象、各種疾病動物模型、新藥臨床前研究等必不可少，通過尸體剖檢可客觀、迅速地觀察尸體各器官、組織及細胞的各種病變，結合病變與臨床癥狀之間的關系闡明動物發病和致死的可能原因，找出實驗上的問題及后續防治措施，同時積累更多的科研資料。

病理解剖應在發現動物死亡后盡快進行，以免動物組織出現死后自溶而影響檢查結果的正確性。由于腐敗分解，大量細菌繁殖，結果使病原檢查也失去意義。

動物解剖前（死亡或處死動物）核對項目編號、項目名稱、組別、動物編號、性別、項目負責人等信息。解剖過程中, 為避免動物皮毛飄揚, 應提前用消毒乙醇將動物皮毛完全打濕。

大體解剖順序：體表→皮下組織→唾液腺和甲狀腺的取出和檢查→胸骨→胸腔及胸腔臟器的檢查→腹腔及腹腔臟器的檢查→胸腔臟器的取出與觀察→腹腔臟器的取出與觀察→坐骨神經和注射局部的取出和檢查→腦的取出和檢查→脊髓的取出和檢查

動物尸檢常被忽視的體表檢查也是極其重要的，如四肢水腫提示動物生前患有心臟、肝臟、腎臟或關節炎癥等疾病；尾巴壞死通常是外傷引起（夾傷、打斗等），也有可能是注射時損傷血管導致血液供應不來造成壞死；天然孔如口腔、鼻孔周圍有血液常常是食道或上呼吸道損傷；肛門周圍污穢提示動物生前有腹瀉現象，多患有腸道疾病。

組織分離時，注意鈍性分離不能用器械直接夾傷組織，組織塊上如有血液、粘液、糞便等污物，應先用生理鹽水沖洗干凈再取材。一般組織要求，黃豆大小，加固定液10倍以上，隔天更換新固定液；若組織過大，需切小再固定，以免組織內部出現腐爛。

剖檢最好在設有解剖臺的解剖室內進行，小動物可在大小適宜的搪瓷盤內剖檢。剖檢完畢，應及時對用具、場地進行嚴格消毒，特別對死于傳染病尸體時，要慎重，嚴防病原擴散、危害動物和人的健康動物；尸體及時收入冰柜，按醫療垃圾處理辦法進行及時處理。

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