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從零基礎到玩轉,網絡藥理學3分左右的文章方法指南學起來!

Time:2024-04-19
中藥網絡藥理學已發展成為一個新的交叉學科,它將網絡科學、生物信息學、計算機科學和數學等學科的方法結合到中藥藥理的研究中

傳統中藥歷史悠久,在治療復雜慢性疾病方面具有獨到的療效和較小的毒副作用。但中藥存在成分復雜、機制不清的問題,阻礙了中藥的現代化和國際化。中藥的物質基礎和作用機理,尚需應用現代醫學和生物科學技術,進行深入的研究。近年來,將系統生物學的思想和方法應用于中藥研究中,正成為一種新的趨勢。中藥網絡藥理學已發展成為一個新的交叉學科,它將網絡科學、生物信息學、計算機科學和數學等學科的方法結合到中藥藥理的研究中,從分子水平和分子網絡調控的背景中闡明中藥的作用機理。通過中藥網絡藥理學的方法,可望使中藥的理論研究和臨床應用更加科學嚴謹,逐漸得到世界的認可。

 

中藥網絡藥理學已成為近年來研究的熱點和國家自然基金重點支持的領域,一系列的數據庫及計算方法被開發出來。但是,對于臨床醫生、科研人員和碩博士研究生,尤其是沒有生物信息學分析基礎、不會編寫計算機程序的初學者而言,如何合理地應用這些已有的數據庫和計算方法,分析自己所研究的中藥方劑,解釋實驗結果,仍然是一大難題。本期課程正是為解決此難點而推出:

 

課程特色

導師長期從事中藥網絡藥理學的資深教授,結合個人實踐經驗,帶領廣大學員,從科研設計、項目具體實施以及SCI文章發表等多個方面,通過實際案例,介紹中藥網絡藥理學的研究思路及具體方法,介紹網絡藥理學相關基金申請及課題設計,本課程可以提供電子版的ppt,會組建微信群,并把主講教授邀請到微信群解答學員的疑問。

 

本次課程以SCI文章為案例主線,逐一詳細剖析,全程電腦實戰教學。理論與實踐相結合,老師將以最簡單易懂的方式,既介紹中藥網絡藥理學的研究路線、發展狀況和最新前沿進展,又介紹具體的數據庫、工具和軟件的使用,并在課堂上進行上機指導。本學習班全部采用免費數據庫和在線分析工具,學員不需要編寫程序。帶領大家一步一步完成一篇3分SCI論文的全部分析

 

導師資質

生信博士畢業,從事生物信息學及中藥網絡藥理學方面的研究10多年, 是國內最早從事網絡藥理學研究的資深研究人員,發表生物信息學、網絡藥理學及中藥復方相關SCI數十篇,含多篇5分以上的文章,主持多項國家自然基金和省部級科研課題,獲得多項省部級科研及教學獎項。講課效果好,獲得學員廣泛好評。

 

課程適宜群體

各級醫院臨床醫生、藥師、科研單位研究人員、高校老師、碩/博士研究生、企業相關研發人員和對網絡藥理學和生物信息學感興趣的廣大同行。同樣適合準備申請國自然、省自然基金,希望能夠使用網絡藥理學和生物信息學的分析手段充實基金前期研究基礎,提升基金邏輯性和故事性的老師和同學。(尤其適合初學者和無基礎的學員,無需學習任何R語言,輕松解析中藥復方/單體的作用機制,講好故事,寫好基金,做好課題,發好文章)

 

課程安排

中藥網絡藥理學內容大綱

日期

時間

題目

課程內容

第一天上午

9:00-10:45

中藥網絡藥理學簡介

網絡藥理學的發展歷程和研究現狀簡介

中藥網絡藥理學SCI論文的詳細剖析

10:30-10:45

茶歇

10:45-12:00

中藥網絡藥理學簡介

中藥網絡藥理學的核心問題

中藥網絡藥理學的研究路線


12:00-13:30

午餐及午休

第一天下午

13:30-14:00

中藥有效成分的查找

常用中藥數據庫及使用方法

14:00-15:30

中藥網絡藥理學研究的數據來源

化合物結構信息、靶點、ADME信息查詢

用中藥數據庫查詢中藥的成分、靶點

用藥靶數據庫查詢化合物靶點

用化合物結構相似性預測化合物靶點

基于藥效團模型預測化合物靶點

用分子對接驗證化合物靶點

15:30-15:45

茶歇

15:45-18:00

疾病相關基因的查找及獲得

用數據庫查詢疾病相關基因

分析GEO數據庫中的基因芯片數據,獲取疾病相關基因


18:00-19:30

晚餐

第一天晚上

19:30-20:40

基于AutoDock Vina軟件分子對接

軟件安裝

下載小分子配體和蛋白受體的結構文件

準備配體文件和受體文件

確定對接區域(對接盒子)

建立配置文件及分子對接

分子對接結果輸出

20:40-20:50

休息

20:50-22:00

網絡藥理學分析結果的驗證

靶標驗證

通路驗證

藥物效果驗證


第二天上午

9:00-10:45

網絡藥理學的實用技能介紹(一)

基因ID轉換

DAVID進行GO富集、通路富集、tissue富集、疾病基因富集分析;KEGGMetascapeMetaboAnalyst  通路分析

Connectivity   Map分析藥物機制

10:30-10:45



10:45-12:00


基因功能相關網絡構建

基因共表達網絡構建


12:00-13:30

午餐及午休


第二天下午

13:30-15:30

網絡藥理學的實用技能介紹(二)

全基因組網絡數據獲取

Cytoscape軟件構建和分析網絡:網絡構建;基本拓撲特征計算;重要節點識別;網絡拓撲指標含義;模塊分解;子網絡提取;網絡可視化;數據輸入輸出;圖形導出;Cytoscape插件的安裝和使用等

15:30-15:45



15:45-16:30


藥物影響的子網絡的構建、成分-靶點網絡、成分-靶點-通路網絡構建

常用圖形繪制方法介紹

課程總結及文獻分析

網絡藥理學課題設計、論文撰寫、基金申請介紹

備注:攜帶電腦,方便跟隨老師進行軟件操作,上課軟件為Cytoscape

另需安裝ZOOM網絡會議軟件方可進行網絡會議

 

 

上課時間

時間:4月2日-3日(2天1夜)

地點:線上

 

課程費用

3200元/人;

 

課程優惠

1.提前報名并付款的,可以預先拿到學習資料;

2. 三人組團報名,每人優惠100元;

3. 四人組團報名,每人優惠200元;

4. 五人組團報名繳費,額外帶一人免費注冊同價值學習班;

5、可額外繳納500元,作為復聽費用(復聽同樣的課程)。


咨詢及報名方式


TEL:19166210316